Biochemical and structural characterization of dipeptidyl-peptidase III from yeast Saccharomyces cerevisiae

Jajčanin Jozić, Nina (2011) Biochemical and structural characterization of dipeptidyl-peptidase III from yeast Saccharomyces cerevisiae. Doctoral thesis, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet.

Preview

PDF - Published Version Download (2MB) | Preview

Abstract

Dipeptidil-peptidaze III (DPP III) su enzimi uključeni u intracelularni katabolizam proteina, a čine zasebnu porodicu cink-metalopeptidaza (M49). Njihov katalitički mehanizam i strukturna svojstva još su nedovoljno istraženi. Sve DPP III inhibirane su tiolnim reagensima. S ciljem doprinosa poznavanju katalitičkih svojstava i prostorne građe metalopeptidaza porodice M49, kloniran je i prekomjerno eksprimiran gen za DPP III kvasca Saccharomyces cerevisiae, a protein pročišćen i biokemijski okarakteriziran. Nadalje, ciljanom mutagenezom pojedinačno je zamijenjeno svih 5 ostataka cisteina, te 7 evolucijski visoko očuvanih aminokiselinskih ostataka. Usporedbom katalitičkih svojstava ''divljeg tipa'' i mutiranih proteina ustanovljeno je da su Cys639 i Cys518 odgovorni za inhibiciju sulfhidrilnim reagensima, a Cys130 za dimerizaciju enzima. U vezanju peptidnog supstrata sudjeluju Glu461, Asp381 i Arg582, dok Tyr327 i His578 doprinose stabilizaciji prijelaznog stanja. Najveći pad katalitičke efikasnosti (kcat/Km), od čak 25 000 puta, uočen je za mutant E461Q, što ukazuje na esencijalnu ulogu Glu461 u katalitičkom mehanizmu. Kroz interdisciplinarnu suradnju, mutant C130S je kristaliziran i razjašnjena mu je 3-D struktura.

Item Type:	Thesis (Doctoral thesis)
Uncontrolled Keywords:	dipeptidyl-peptidase III; M49 family; Saccharomyces cerevisiae; reactive cysteine residues; site-directed mutagenesis
Subjects:	NATURAL SCIENCES > Chemistry NATURAL SCIENCES > Chemistry > Organic Chemistry
Divisions:	Division of Organic Chemistry and Biochemistry
Projects:	Project title Project leader Project code Project type Molecular enzymology and protein interactions of hydrolases (Molekularna enzimologija i proteinske interakcije hidrolaza)- Marija Abramić 098-1191344-2938 MZOS
Depositing User:	Nina Jajčanin Jozić
Date Deposited:	07 Oct 2015 13:21
URI:	http://fulir.irb.hr/id/eprint/2157

Actions (login required)

View Item