Grabar Branilović, Marina (2014) Nucleic acid - small molecule interactions, experimentally based molecular modeling approach. Doctoral thesis, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet.
|
PDF
- Published Version
Download (8MB) | Preview |
Abstract
U okviru ove doktorske disertacije metodama molekulskog modeliranja proučavane su interakcije nukleinskih kiselina s nekoliko skupina organskih spojeva: derivatima bisfenantridina, guanidiniokarbonil-pirol- arilnim konjugatima, cijaninskim spojevima, te translacijskim (benzimidazolnim i diaminopiperidinskim) inhibitorima hepatitis C virusa. Istraženi su procesi njihovog kompleksiranja, interkaliranja, vezanja u utor te elektrostatskog međudjelovanja s polinukleotidima. Prve tri skupine spojeva imaju svojstvo molekulskog prepoznavanja nukleobaza, pa mogu poslužiti za razvoj novih specifičnih obilježivača pri istraživanju nukleinskih kiselina, te kao predložak za razvoj antitumorskih i antivirusnih lijekova sa svojstvom selektivnog blokiranja određenih sljedova DNA ili RNA. Kao polazišne točke za modeliranje korišteni su rezultati spektroskopskih mjerenja (UV-Vis i CD spektri, fluorimetrijske titracije) te difrakcijske i NMR analize. Istraživanja su provedena metodama molekulskog modeliranja različitih stupnjeva složenosti. U svrhu određivanja novih parametara korišteni su kvantno mehanički računi. Proučavanje strukture i fleksibilnosti nukleinskih kiselina i njihovih kompleksa s organskim molekulama provedeno je metodama polja sila (molekulska mehanika i molekulska dinamika). Kombinirane kvantno mehaničke – molekulsko mehaničke metode primijenjene su u svrhu ispitivanja utjecaja okoline, preciznije polinukleotidnog lanca i metalnih iona, na raspodjelu naboja na ligandima. Dobiveni rezultati u skladu su s eksperimentalnim saznanjima.
| Item Type: | Thesis (Doctoral thesis) | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Uncontrolled Keywords: | nucleic acids; force field; molecular mechanics; molecular dynamics quantum mechanical calculations; intercalators; minor groove binders; HCV inhibitors | ||||||||
| Subjects: | NATURAL SCIENCES > Physics | ||||||||
| Divisions: | Division of Physical Chemistry | ||||||||
| Projects: |
|
||||||||
| Depositing User: | Marina Grabar Branilović | ||||||||
| Date Deposited: | 06 Oct 2015 14:46 | ||||||||
| Last Modified: | 06 Oct 2015 14:46 | ||||||||
| URI: | http://fulir.irb.hr/id/eprint/2153 |
Actions (login required)
 |
View Item |
Citations:
Citations: