Nucleic acid - small molecule interactions, experimentally based molecular modeling approach

Grabar Branilović, Marina (2014) Nucleic acid - small molecule interactions, experimentally based molecular modeling approach. Doctoral thesis, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet.

Preview

PDF - Published Version Download (8MB) | Preview

Abstract

U okviru ove doktorske disertacije metodama molekulskog modeliranja proučavane su interakcije nukleinskih kiselina s nekoliko skupina organskih spojeva: derivatima bisfenantridina, guanidiniokarbonil-pirol- arilnim konjugatima, cijaninskim spojevima, te translacijskim (benzimidazolnim i diaminopiperidinskim) inhibitorima hepatitis C virusa. Istraženi su procesi njihovog kompleksiranja, interkaliranja, vezanja u utor te elektrostatskog međudjelovanja s polinukleotidima. Prve tri skupine spojeva imaju svojstvo molekulskog prepoznavanja nukleobaza, pa mogu poslužiti za razvoj novih specifičnih obilježivača pri istraživanju nukleinskih kiselina, te kao predložak za razvoj antitumorskih i antivirusnih lijekova sa svojstvom selektivnog blokiranja određenih sljedova DNA ili RNA. Kao polazišne točke za modeliranje korišteni su rezultati spektroskopskih mjerenja (UV-Vis i CD spektri, fluorimetrijske titracije) te difrakcijske i NMR analize. Istraživanja su provedena metodama molekulskog modeliranja različitih stupnjeva složenosti. U svrhu određivanja novih parametara korišteni su kvantno mehanički računi. Proučavanje strukture i fleksibilnosti nukleinskih kiselina i njihovih kompleksa s organskim molekulama provedeno je metodama polja sila (molekulska mehanika i molekulska dinamika). Kombinirane kvantno mehaničke – molekulsko mehaničke metode primijenjene su u svrhu ispitivanja utjecaja okoline, preciznije polinukleotidnog lanca i metalnih iona, na raspodjelu naboja na ligandima. Dobiveni rezultati u skladu su s eksperimentalnim saznanjima.

Item Type:	Thesis (Doctoral thesis)
Uncontrolled Keywords:	nucleic acids; force field; molecular mechanics; molecular dynamics quantum mechanical calculations; intercalators; minor groove binders; HCV inhibitors
Subjects:	NATURAL SCIENCES > Physics
Divisions:	Division of Physical Chemistry
Projects:	Project title Project leader Project code Project type Computational study of bio-macromolecules and development of new algorithms (Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama)- Sanja Tomić 098-1191344-2860 MZOS
Depositing User:	Marina Grabar Branilović
Date Deposited:	06 Oct 2015 14:46
URI:	http://fulir.irb.hr/id/eprint/2153

Actions (login required)

View Item