Ivić, Nives (2013) Structural characterization of bacterial glycine:[carrier protein] ligase and its complexes with substrates. Doctoral thesis, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet.
|
PDF
- Published Version
Download (12MB) | Preview |
Abstract
Nedavno je otkrivena nova porodica enzima sličnih metanogenom tipu seril-tRNA-sintetaza. Nazvani aminokiselina:[protein-nosač]-ligaze, ovi homolozi umjesto serina tioesterski vežu glicin ili alanin na odgovarajući protein-nosač (CP) umjesto na tRNA. U ovom radu je strukturno okarakteriziran član te porodice ; glicin:[protein-nosač]-ligaza 1 (Bj Gly:CP-ligaza 1) iz bakterije Bradyrhizobium japonicum. Usporedba kristalnih struktura Bj Gly:CP-ligaze 1 i metanogenog tipa seril-tRNA-sintetaze je otkrila strukturnu očuvanost katalitičke domene i aktivnog mjesta enzima. Strukture Bj Gly:CP-ligaze 1 u kompleksu s malim supstratima (ATP-om i analogom glicil-adenilata) su ukazale na potencijalne aminokiseline odgovorne za diskriminaciju glicina i očuvanost mehanizma aktivacije glicina. Analiza strukture kompleksa Bj Gly:CP-ligaze 1 i odgovarajućeg CP-a je otkrila međudjelovanje proteina isključivo preko CP-vezne zavojnice karakteristične za aminokiselina:[protein-nosač]-ligaze. Dizajnirana je hibridna Gly:CP-ligaza u kojoj je CP-vezna zavojnica iz Bj Gly:CP-ligaze 1 zamijenjena odgovarajućom iz Agrobacterium tumefaciens alanin:[protein-nosač]-ligaze. Usporedbom kompleksa ligaza s odgovarajućim CP-om razjašnjena je strukturna osnova na temelju koje aa:CP-ligaze razlikuju protein-nosače.
Item Type: | Thesis (Doctoral thesis) | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Uncontrolled Keywords: | biomacromolecular crystallography; amino acid:[carrier protein] ligase; seryl-tRNA sinthetase homolog; carrier protein; Bradyrhizobium japonicum | ||||||||
Subjects: | NATURAL SCIENCES > Chemistry | ||||||||
Divisions: | Division of Physical Chemistry | ||||||||
Projects: |
|
||||||||
Depositing User: | Nives Ivić | ||||||||
Date Deposited: | 05 Oct 2015 14:29 | ||||||||
URI: | http://fulir.irb.hr/id/eprint/2150 |
Actions (login required)
![]() |
View Item |